子会社設立に必要となる手続き（メリット・デメリットも解説）

事業が一定規模に達した時、子会社の設立を検討することがあります。

うまくハマれば、子会社設立には節税メリットや事業メリットがありますが、子会社を設立するには様々な手続が必要です。

この記事では、子会社設立に必要となる手続や注意点、メリット・デメリットを紹介していきます。

1. 子会社設立の注意点（事業目的の同一性）

最初の会社設立では、通常、発起人は「個人」となりますが、子会社設立の場合は、発起人は「親会社」となります。

そして、発起人が親会社となる場合、発起人となる親会社と新たに設立する子会社の事業目的が一部でも重複している必要があります。

もちろん、一言一句完全に同じ文言の事業目的にしなければならないわけではありませんが、子会社として設立する以上は、ある程度の事業内容の同一性が求められているのです。

例えば、

• 親会社：「不動産賃貸業」
• 子会社：「不動産賃貸管理業」

というように目的の同一性があることが望まれます。同一性が全くない場合、定款認証の際にに修正を求められる可能性もあります。

2. 子会社設立の手続き

それではここからは子会社設立の手続きについて確認していきましょう。

(1) 定款認証～登記申請

子会社設立の一連の流れは以下の通りとなります。

株式会社の場合と合同会社の場合とで若干手続が異なります。

① 基本事項の決定

最初に、子会社の概要や決算期等の以下のような基本情報を決める必要があります。

特に商号（法人名）は、意外と悩む部分となりますので、設立手続に着手する前に検討しておくと良いでしょう。

• 目的
• 商号
• 本店の所在地
• 資本金・出資金の額
• 事業年度

② 定款の作成

定款は、会社のルールブックのようなものであり、株式会社であろうが合同会社であろうが必ず作成しなければならないものとなります。

定款には、「絶対的記載事項」として必ず記載しなければいけない事項などが定められており、絶対的記載事項のうち一つでもその記載が欠けると、定款全体が無効となってしまいますので注意しましょう。

株式会社の定款には、絶対的記載事項のほか、「相対的記載事項」や「任意的記載事項」も定めることができます。

a. 絶対的記載事項：必ず記載しなければならない事項

b. 相対的記載事項

相対的記載事項とは、効力を生じさせようとするには必ず定款に記載しなければならない事項であり、例えば以下のようなものが相対的記載事項となります。

• 現物出資をする者の氏名又は名称，出資の目的たる財産及びその価額並びにその者に対して割り当てる設立時発行株式の種類及び数
• 会社の成立後に譲り受けることを約した財産及びその価額並びにその譲渡人の氏名又は名称
• 株式会社の成立により発起人が受ける報酬その他の特別の利益及びその発起人の氏名又は名称
• 株式会社の負担する設立に関する費用　など

c. 任意的記載事項

任意的記載事項は、言葉通り、記載するか否かは自由（≒記載しなくてもそのようにできる）ですが、記載しておくとルールとして強い拘束力を持つことになる事項です。例えば以下のような事項が挙げられます。

• 取締役や監査役の人数
• 役員報酬の決定方法
• 株主総会の招集時期　など

③ 定款の認証

定款の認証は、会社の本店の所在地を管轄する公証役場へ提出し、認証の手続をします。

例えば、東京都内に本店を置く会社等の定款は、東京法務局所属の公証人（東京都内の公証役場の公証人）の認証を受けなければなりません。

本店の所在地の公証役場ではなく、管轄区域外の公証人がした定款の認証については無効となるのでご注意ください。

なお、合同会社の場合、定款の作成は必要ですが、定款の認証は必要ありません。

④ 資本金・出資金の払込

発起人は、株式会社の場合は引き受けた株数に相当する金額を、合同会社の場合は定款で定めた出資金を払い込みます。

なお、この段階ではまだ会社設立前のため、会社名義の口座は作ることができませんので、、発起人の口座に振り込むこととなります。

発起人の口座が自分の口座の場合、自分の預金残高が出資金以上にあったとしても、設立登記時の書類作成のために、出資金の金額をいったん引き出してから入金し直し「入金の履歴」を残す必要があります。

この払い込まれた口座の通帳の表紙、表紙裏（支店名、口座番号、口座名義人が記載されているページ）、振込記録のあるページをコピーし、設立登記申請書へ添付する「払い込みを証する書面」を作成します。

⑤ 登記申請

定款の認証等が完了後に、子会社設立のために登記申請を、本店所在地を管轄する法務局などに申請します。

登記申請書類は概ね以下の通りですが、会社の形態（株式会社or合同会社）や、取締役等の役員構成等に応じて様々です。

提出書類に漏れがあると登記申請に時間がかかってしまいますので、事前に法務局や司法書士に確認の上、手続きを進めると良いでしょう。

• 登記申請書類
• 定款
• 発起人の決定書
• 代表取締役就任承諾書
• 取締役就任承諾書
• 設立時取締役の印鑑証明書
• 資本金の払い込みがあったことを証する書面　など

なお、原則として登記申請書類を提出した日が会社の設立日となりますので、設立日にこだわりがある人は、提出日に注意しましょう。

(2) 税務署等への設立届

子会社を設立した後は、税務署等へ設立したことの届出をする必要があります。

設立時の届出は例えば以下のようなものが挙げられますが、これら以外にも状況に応じて提出することで、各種税メリットを受けることができるものもありますので、ここは税理士に相談の上、提出漏れがないようにしたいところです。

① 内国普通法人等の設立の届出

• 内国普通法人等を設立した際の届出
• 法人設立の日（設立登記の日）以後2月以内

② 青色申告書の承認の申請

• 青色申告による税メリットを受けるための届出
• 設立の日以後3月を経過した日と事業年度終了の日とのうちいずれか早い日の前日まで

③ 給与支払事務所等の開設の届出

• 給与の支払者が、国内において給与等の支払事務を取り扱う事務所等を開設した場合の届出
• 開設、移転又は廃止の事実があった日から1か月以内に提出してください。

④ 源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請 

• 源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請を行うための届出
• 原則として、提出した日の翌月に支払う給与等から適用される

(3) 社会保険関係手続き

税務署等への手続と並行して、必要に応じて行う必要があるのが社会保険手続です。

社会保険手続では、以下のような書類を年金事務所に提出する必要があります。

• 健康保険・厚生年金保険新規適用届
• 健康保険・厚生年金保険被保険者資格取得届

また、すぐに従業員を雇用する場合には、別途、労働保険関係の書類の提出も必要となりますが、社会保険・労働保険関係書類は作成や提出に手間がかかることが多く、かつ、従業員にとっても大切な手続きとなりますので、社会保険労務士に依頼することをお勧めします。

3. 子会社設立のメリット

子会社設立には、経営の効率化や節税効果のみならず、より多くの人材に責任あるポジションを経験させられる等、多くのメリットがあります。

ここからは子会社設立のメリットを紹介していきます。

①子会社設立による節税

漠然に、税金を抑えたいという理由から子会社設立を検討しているケースは多いように見受けられます。しかし、節税で最も重要なポイントは「なぜ税金を抑えることができるのか」を経営者自らが理解することです。

そこでまずは、子会社設立で受けることができる主な節税メリットを紹介します。

(1)  親会社と子会社の両社で法人税の軽減税率の適用を受けることができる

（2021年9月現在：資本金が1億円以下等の中小法人の場合）

通常の法人税率は23.2％ですが、所得金額のうち年800万円までは15％の法人税率が適用されます。
例えば、年間の課税所得（≒利益）が1,500万円の会社があったとします。以下の通り、この会社の法人税額は282万円となります。

もし、この会社が子会社を設立し、年間の課税所得（≒利益）1,500万円を親会社と子会社とで半分ずつに分散させることができた場合、それぞれ課税所得800万円までの軽減税率15%の適用を受けることができるので、以下の通り、合計で224万円の法人税額となります。

（親会社）

（子会社）

このように、所得を分散させてそれぞれで軽減税率の適用を受けることは、子会社設立における一つ目のメリットとなります。

子会社設立の有無の比較

(2) グループ全体でみると交際費の損金算入限度額が増える

交際費は年間800万円までは費用として認められる、というのは多くの方が聞いたことがあるかと思います。

これは、本来交際費は「税金計算上の経費にすることができない」中にあって、資本金が1億円以下等の中小法人においては「特別に年間800万円までは税金計算上の経費にすること」を認めるものです。

この年間800万円までというのは「1社あたり」の限度額なので、親会社は800万円、子会社は800万円とそれぞれ限度額を持つことができます。交際費が多額に発生する業種の場合は、子会社を設立することで、子会社でも交際費枠を獲得することができるようになります。

ただし、交際費は「事業に関係のある者に対して行う接待等」と税務上はルールが定められています。800万円の限度があるからと言って生活費や私物購入費用を経費計上していると税務調査で痛い目にあいますので注意が必要です。

(3) 子会社でも消費税の納税義務の免除が受けられる可能性がある

資本金1,000万円未満の会社を設立した場合、基本的に最初の2期は消費税を納める義務が免除されています。

そのため、親会社で消費税の納税義務者となっていた場合であっても、子会社を設立し所得分散をさせることによって、子会社側で発生した消費税の納税義務が免除されることもあります。

ただし、設立した子会社が2年間の免税事業者の権利を得るためには資本金の設定だけではなく様々な要件をクリアしなければなりません。

また、消費税法は年々改正がされており、2023年からは新しい消費税の制度である「インボイス制度」の導入が見込まれているため、免税事業者となるメリットが希薄化することが予想されます。

消費税の免税事業者を狙って子会社設立をしたにもかかわらず、結果として消費税の課税事業者となってしまったという悲惨な状況を避けるためにも、消費税の判定については税理士のアドバイスを聞きながら慎重に判断することが得策です。

(4) 所得分散により、消費税の簡易課税制度の利用可能性が高まる

消費税とは、取引先から預かった消費税から、自社で支払った消費税を差し引いて納める税金となります。

人件費が大半のサービス業の場合、売上に係る消費税お客様から預かる消費税は多いにも関わらず、仕入れに係る消費税が無いため、預かった消費税の大部分をそのまま国へ納めることになります。

このようなサービス業などのビジネスを行う納税者向けの制度として「簡易課税制度」という制度があり、自社が支払った消費税を、業種ごとに定められた一定のみなし仕入れもとに計算することができます。

例えば売上が3,000万円、消費税の課税対象となる仕入が500万円のサービス業の場合は、以下の通り簡易課税制度を選択した方が有利となります。

ただし、この簡易課税制度を適用することができる会社は、2期前の課税売上高が5,000万円以下の会社に限られていますので、一定規模以上の会社は簡易課税制度の適用を受けることができません。

しかし、子会社を設立して所得分散をすることで、親会社と子会社のいずれも（又はいずれか）で簡易課税制度を適用させることが可能となる場合もあります。ただし、(3)の免税事業者のように、消費税に関する特例を利用する場合には、様々な要件や事前の届出が必要となります。
制度としては理解しつつも、実際の適用を検討する段階では、必ず税理士のアドバイスを聞きながら慎重に進めることをお勧めします。

②節税以外のメリット

子会社設立には節税以外にも、ビジネス上の観点からメリットが多くありますが、ここでは主なビジネス上のメリットを4つ紹介します。

(1) リスクの分散

万が一、子会社で不祥事が起きてしまい子会社の事業の継続が難しい状況になったとしても、親会社は別会社のため事業を継続することができる可能性があります。もちろん親会社としての責任追及ということもあり得ますが、子会社設立により経営上のリスク分散をすることができるというのはメリットの一つと言えます。

(2) 意思決定スピードの向上

事業規模が大きくなると意思決定のための社内承認プロセスに時間がかかることや、経営者の指示やビジョンをすべての社員へ共有することに時間がかかることがあります。

子会社を設立して特定の事業をその子会社で行う場合などは、少数精鋭として会社の意思決定やビジョンの共有をスムーズに行うことができるようになります。

(3) 損益管理が把握しやすい

親会社の一事業を子会社として独立させた場合、子会社は親会社とは別に会計を行う必要があります。これにより、事業ごとの損益がより明確になり財務情報が把握しやすくなります。

もちろん独立した管理をしなければならないため管理コストは発生しますが、子会社に責任を持った損益管理をさせることで、グループ全体としての成長を期待することも可能です。

(4) 事業の売却等がスムーズに行える

会社の中の特定の事業のみを売却したい場合には、会社分割や事業譲渡というスキームを使う必要があります。

しかし、当該事業が子会社となっている場合には、子会社株式の譲渡を行うのみで取引が完結します。株式売却は、通常、会社分割や事業譲渡よりもシンプルな手続きで済みます。

また、跡継ぎの候補者が2人以上いる場合などは、会社自体を2つに分けて継がせることにより、跡継ぎに関するトラブルを防ぐことができますので、事業承継という面からも子会社設立はメリットと言えます。

4. 子会社設立のデメリット

一方で、子会社設立にはランニングコスト増加等のデメリットもあります。デメリットを考慮せずに子会社を設立してしまうと、子会社設立を後悔してしまう可能性もあります。

一度会社を設立してしまうと、やめる（清算させる）にはコストだけではなく、それなりの手間もかかりますので、デメリットも十分に理解した上で、子会社設立を検討しましょう。

①設立コストだけでなくランニングコストが増加する

子会社を設立する際には、定款認証費用や登録免許税、設立手続を専門家に依頼した際の手続代行費用など、子会社設立費用が発生するだけではなく、銀行口座の開設から税務署等への届出など、それなりに手間もかかります。

そして設立費用のみならず、例えば以下のようなランニングコストも子会社において追加発生します。

(1) 子会社オフィスの賃借料

親会社とは別の法人格をもって登記をする必要があるため、子会社のオフィスを用意する必要があります。

勿論、親会社と同一住所で登記をすることも可能ですが、親会社のオフィスを一部間借りする場合は、そもそも親会社オフィスを子会社に転貸して可能か（子会社のオフィスとしての登記が可能か）を確認する必要があったり、子会社から親会社へ適切な賃料を支払う必要があったりと注意が必要です。

(2) バックオフィス費用

親会社と子会社では法人格が異なりますので、それぞれ独立した会計帳簿の作成・税務申告が必要となります。
即ち、それぞれ独立した損益を把握することができるというメリットがある反面、会計ソフトや専門家（税理士・社会保険労務士・弁護士等）などの契約を子会社としても行う必要があるのです。

また、子会社が成長すれば、従業員の雇用も親会社とは別個で行うことになるでしょうから、就業規則や給与規定等も子会社単独で用意する必要が生じます。

このように、子会社を設立することによりバックオフィスに関連するコストや手間が追加で発生する点は注意しましょう。

(3) 法人住民税均等割

会社が納めるべき税金の中には、法人住民税のうち均等割というものがあります。

この法人住民税均等割は例え会社が赤字であっても毎年必ず発生する税金となります。

さらに、この法人住民税均等割は会社が所在している都道府県や市町村の自治体ごとに課税されるため、複数の支店を有する会社は支店が所在するそれぞれの自治体へ納税する必要があります。

法人住民税均等割の金額は、資本金等の額や従業員数によって異なり、また、自治体によっても多少金額が異なってきますが、東京都の場合（従業員50人以下の場合）は次の通りとなります。

法人住民税均等割は、毎年、会社ごとに発生しますので、子会社を設立の際のランニングコストとして認識しておきましょう。

②会社間での損益通算ができない

1つの会社で事業部が複数あった場合、例えば、X社がA事業とB事業を営む場合を考えてみましょう。

この時、X社の損益は、A事業部の赤字とB事業部の黒字を合算して計算され、合算した損益に基づき法人税が課税されます。この合算した金額がマイナス、すなわち会社全体として赤字であった場合にはその会社の法人税は発生しません。（先ほど紹介した法人住民税均等割は赤字であっても発生します。）

次に、A事業部とB事業部が異なる会社の場合を考えてみましょう。例えば、A事業はX社が、B事業は子会社のY社が営んでいるとします。

B事業を子会社として独立させた場合、法人税は会社ごとに計算することとなりますので、赤字会社のX社では法人税は発生しないものの、黒字会社のY社では法人税が発生することとなります。
結果として、このようなケースでは、グループ合計の法人税負担は、前述の場合（X社がA事業とB事業の両方を営む場合）よりも大きくなります。

このように、法人格が分かれることで、会社間の損益通算ができないことがデメリットの一つと言えます。

なお、連結納税制度（2022年4月1日からはグループ通算制度）の適用を受けることができれば親子間での損益通算も可能となりますが、中小企業が連結納税制度（グループ通算制度）の適用を受けるためには管理面等で高いハードルがあります。従って、現実的には会社間での損益通算は難しいと考えた方が無難です。

（※）なお、赤字会社の場合、要件を満たせば「欠損金の繰越控除」の適用を受けることができ、発生した赤字を向こう10年間の黒字と相殺できることができますが、ここでは議論をシンプルにするため、一時点での影響比較に留めています。

③税務署から疑われる？

子会社を設立すると税務調査に入られやすいという噂もありますが、これはあながち嘘ではないと言えます。

子会社を設立するという行為自体が税務調査に直結することはありませんが、親会社と子会社間との取引が頻繁にある場合には、税務調査の時には必ずと言っていい程議論になります。
親子間での取引は利益の調整弁としやすいことから、性悪説で調査をする税務署にとっては、何かしらの疑いを持たれるのは当然です。

例えば、決算期が迫り、親会社側で子会社に対して架空の請求書を発行して経費の水増しをする等すれば即座に追徴課税の対象となるでしょう。

親子間の取引とは言え、第三者との取引と同じように、適正価格で実態のある取引をする場合には何ら問題ないですが、例えば請求書の発行を省略したり、著しく高額・低額な価格で取引をしたりしていると、税務調査での指摘対象となりますので、注意が必要です。

税務調査が入ったとしても、合理的な理由のある適正価格での親子間取引であれば、例え疑われたとしても指摘されることはありません。

• 書類（契約書や請求書）の作成等の手続きは省略しない
• 利益調整の目的で親子間取引を行わない
• 適正価格にて実態のある取引を行う。

親子間で取引を行う場合には、これらを留意する必要があります。

おわりに

子会社設立は、通常の発起人を個人とする新規設立とは異なり、冒頭で紹介した事業目的の同一性の制約等があります。

また、事業が一定規模以上になってからの設立の場合、ある程度事業基盤もできているため、税務署への届出や社会保険・労働保険関係の届出も慎重に対応する必要があります。

スペラビ税理士法人では、子会社設立の手続や税務署への届出書の提出だけではなく、必要に応じて社会保険労務士等の専門家と提携の上、子会社設立にまつわる包括的なサポートを提供しております。

子会社設立の手続でお悩みの方は、まずはお問合せフォームからご連絡下さい。